La construcción de la iglesia y otras instalaciones del antiguo monasterio de Urdazubi/Urdax llevó un tiempo considerable, ya que diferentes cambios históricos afectaron a la ejecución de las obras.
Tenemos información de que la construcción del monasterio comenzó en su configuración actual en la primera mitad del siglo XV, pero un incendio en 1526 destruiría por completo la iglesia y otros anexos.
A mediados de siglo se había iniciado la reconstrucción del recinto, pero debido a la falta de recursos económicos, las obras avanzaron con suma lentitud y no se concluyeron en su totalidad hasta 1639.
Posteriormente, en la segunda mitad del siglo XVII, se construirá el claustro y una serie de estancias adosadas a la iglesia, obra que se cree finalizada en 1684, coincidiendo con una de las épocas de mayor esplendor del monasterio, prosperidad que continuará hasta fines del siglo XVIII.
En 1793, coincidiendo con las Guild Wars, un devastador incendio quemaría gran parte de la iglesia, la biblioteca y parte de los aposentos de los monjes, lo que provocó que abandonaran temporalmente el monasterio y no regresaran hasta 1806. Se propone una nueva reconstrucción.